Atenção: Muitas plantas medicinais podem ser facilmente confundidas.

A diferenciação botânica entre algumas espécies pode ser muito complexa. Em muitos casos, o botânico precisa ir ao laboratório, consultar referências, recorrer a colegas especialistas naquele grupo de plantas ou e dependendo da complexidade é necessária uma analise genética do DNA da planta para ter certeza da espécie vegetal.

Essas diferenças podem ser muito sutis. Por exemplo, a característica que melhor distingue a menta e a hortelã é a presença de pecíolo (talinho que sai do galho que sustenta a folha) na hortelã, enquanto as folhas da menta ficam todas ligadas diretamente ao galho.

Outro caso curioso, já ocorreu com alguns gaúchos que por engano colocaram citronela no chimarrão pensando que era capim-cidró. Pois, estas plantas são muito parecidas com folhas de mesmo formato e raramente apresentam flores.

A olho nu as sementes do funcho e erva-doce são iguais, mas quando usamos uma lupa podemos ver que o fruto da erva-doce tem um formato de pera enquanto o do funcho lembra uma canoa. Contudo, maior perigo, seria confundi-las com as sementes da cicuta que são visualmente muito parecidas e seu consumo apresentam importantes efeitos toxicológicos. Dessa forma é muito mais seguro adquirir plantas medicinais de empresas e lojas realmente especializadas.